魏军攻入襄平城，立即展开了一场大屠杀。
司马懿下令，把公孙渊伪朝廷里任职的所有公卿百官全部诛杀，各级官员以及军队里的将领被杀的有2000多人，还有一部史书甚至记载，城中15岁以上的男子都被杀掉了，前后多达7000余人，杀的人实在太多，首级集中在一起堆成了一座小山，称为“京观”。
公孙渊的叔叔公孙恭仍在世，当初公孙渊把他囚禁起来，夺走了他的权位，司马懿命人把公孙恭释放。公孙渊还有个哥哥叫公孙晃，以人质的身份待在洛阳，公孙晃多次上书魏明帝说公孙渊会造反，请朝廷出兵讨伐，公孙渊败亡后魏明帝不忍将公孙晃斩于市中，下令在狱中把他杀了，廷尉高柔负责审理此案，上疏为公孙晃求情，魏明帝不允，遣使者带上金屑到狱中，命公孙晃及其妻子、儿子饮下自杀，之后赐他们棺衣殓葬。
魏明帝大概也明白公孙晃跟公孙渊不是一路人，因无罪自然不当死，但为了彻底消除公孙氏在辽东的影响，不得不斩草除根。至于公孙恭，他身体有残疾，又缺乏治国的能力，因而保住了一条命。
铲除完公孙氏的势力，辽东郡以及公孙渊原控制的附近其他各郡国重新纳入曹魏版图，仍归幽州刺史部管辖。幽州刺史毌丘俭也参加了此次战役，事后因功被晋封为安邑侯，食邑高达3900户，毌丘俭之后继续坐镇幽州。
春天出发，夏天赶到，秋天把仗打完，司马懿基本履行了对魏明帝所做的承诺。经过一段时间休整，已经到了冬天，东北地区的冬天异常寒冷，士兵们带来的衣服难以御寒，有人建议再给每人多发一件棉衣，在公孙渊的府库这样的东西多得是，但司马懿不同意：“这些是国家的财物，我无权处置。”
回师前，司马懿向魏明帝上表，请求让60岁以上的军人复员回家，涉及1000多人，同时为征战中死去的士兵发丧。大军回师到了蓟县，也就是今北京附近，遇到魏明帝派来的劳军使者，魏明帝下诏增加昆阳县为司马懿的封地，加上之前的舞阳县，司马懿的封地已经有两个县，当个县侯已算位极人臣，现在是两个县的县侯，那更是极为荣耀了。魏明帝让司马懿仍回长安镇守，可以直接回去，不必再绕道洛阳了。
司马懿继续率军回返，在半路上连续几天都做了一个奇怪的梦，在梦里魏明帝枕在他的膝上，让他看自己的脸，之后就醒了。司马懿不知道这是何寓意，但内心里肯定感到了不安。行进到一个叫白屋的地方，此地距洛阳大约400里，司马懿突然又接到了魏明帝的诏书，三天之中有五次之多，诏书都是魏明帝亲笔所书，这也相当罕见，内容是让他以最快的速度回洛阳，越快越好！
结合最近总在做的那个梦，司马懿预感到将有大事发生。当时最快的战马一日可行300里，司马懿仍嫌慢，他调来一种更快的交通工具——追锋车，这是一种很精巧的车子，由多匹战马拉着在驿道上奔驰，司马懿改乘它一夜之间竟然跑了400里，回到了洛阳。
司马懿被迎候的人直接带入宫里的嘉福殿，在这里见到了魏明帝，让司马懿吃惊的是，在他走之前还一切正常的魏明帝，此时竟然躺在一张病床上奄奄一息了！
魏明帝曹叡这一年只有36岁，正值人生壮年，但自从夏天开始他便病倒了，而且病得越来越重，宫中御医均束手无策。
寿春有个农妇，自称天神下凡，魏明帝也视其为神人，称其为“登女”，让她护佑帝室安康，有人得了病，这个女人就喂给他们喝一种“神水”，或者用这种水为他们洗疮，不少人真的好了，魏明帝在宫里为她营建了堂馆，对她优礼以待，等到魏明帝一病不起，大家让这个女人用“神水”为魏明帝治病，却不见效果，这个女人结果就被杀了。
魏明帝得的是什么病，史书没有记载，不管是哪种疾病，恐怕都与心理因素有关，长期的压抑与内敛让魏明帝的心理健康很成问题，他又是一个极为克制的人，但越是克制又越对健康不利。
魏明帝大概是在拼尽最后的力量等待司马懿的到来，君臣之间已经来不及再叙其他的话了，魏明帝颤抖着拉起司马懿的手，看着他，一字一句地对他说：“我留了一口气，就在等太尉到来。我有后事相托，现在还能相见，我死也没有遗憾了！”
说完，魏明帝叫来两个孩子，分别是齐王曹芳和秦王曹询，魏明帝指着8岁的齐王曹芳对司马懿说：“我死后，此子继大位，您要看仔细，别弄错了！”说完魏明帝又让曹芳上前，曹芳抱着司马懿的脖子，司马懿已泣不成声，颤抖着对魏明帝说：“陛下还记得先帝将陛下嘱托给老臣吗？”
当天魏明帝曹叡就驾崩了，这一天是曹魏青龙三年（239）的正月初一。
这是司马懿第二次受命托孤，按照魏明帝临终的安排，除了他，同时受命托孤的还有武卫将军曹爽。
曹爽是曹真的长子，作为曹氏的第三代，从小就生活在优越的环境中，少年时代便凭宗室的身份可随意出入宫廷，魏明帝继位后让他担任散骑侍郎，后又出任洛阳城城门校尉、武卫将军等，受到重用。
这是一个典型的“官二代”，除了侍卫在天子近前并无在州郡任职的经历，也没有任何野战之功，论年纪、论资历、论功绩都与“托孤大臣”这个身份相差悬殊，难道曹氏宗亲里再也选不出人来了吗？
司马懿也许就有这样的疑问，他长期不在洛阳，近一年来又远在辽东作战，对朝廷里的情况并不知情。他不知道的是，围绕托孤的安排，前一阵朝廷内部曾发生了一场激烈的斗争，他原本并不在托孤大臣之列，后来戏剧性地加了进来。
魏明帝最初确定的托孤大臣是燕王曹宇，他是曹操的儿子、魏明帝的叔父，他的母亲是环夫人，神童曹冲是他同父同母的兄弟。魏明帝少年时代接触的人不多，曹宇是其中之一，二人因此感情很好，魏明帝继位后加封曹宇为燕王。
魏明帝自感来日无多，想任命曹宇为大将军，让他带着领军将军夏侯献、武卫将军曹爽、屯骑校尉曹肇、骁骑将军秦朗等共同辅政，夏侯献是夏侯氏族人，曹肇是曹休之子，秦朗是曹操的继子，这个托孤阵营是清一色的“诸夏侯曹”。
但这个托孤方案最终又被放弃了，一方面是曹宇不愿意干，他性格软弱，在政治上没有野心，只想荣华富贵地过上一辈子，不愿意操心担风险；另一方面也是最关键的，是有人从中搞了破坏。
搞破坏的人是刘放和孙资，他们分别担任中书监和中书令，是中书台的一、二把手，朝廷的秘书局一向是尚书台，魏明帝想进一步抓权，就逐渐以中书台相取代，刘放、孙资这么多年来一直是魏明帝的左右手，参与军机，深得信赖，同时也招致曹肇、夏侯献这些人的忌恨。
有一天，夏侯献看到有只鸡栖身在树上，故意对曹肇说：“你看那只鸡，它们还能蹦跶到哪一天？”这几句话恰巧被刘放、孙资听到了，也许是凑巧听到的，也许是夏侯献故意说给他们二人听的，总之刘放、孙资十分紧张。恰在这时，魏明帝与他们商量燕王不愿意担任大将军一事，魏明帝问他们，燕王是谦虚呢还是真的自感没有这个能力？二人当然抓住这最后的机会，“一致认为”燕王不是谦虚，确实难当此任。
魏明帝又问他们谁更合适，二人趁机推荐了曹爽，你一言我一语，把曹爽一通猛夸，魏明帝于是诏见了曹爽，当场就把辅政的事定了下来，并且又明确司马懿共同辅政，这当然也是刘放、孙资“力荐”的结果。
刘放、孙资可能考虑到，曹爽即使辅政，但他的能力相当有限，很容易又跟夏侯献、曹肇他们搞在一起，到时候结果仍然一样，为防止曹氏和夏侯氏独揽大权，必须引入异姓重臣做牵制，而司马懿无疑是最佳人选。多年来魏明帝对刘放、孙资二人一向言听计从，几乎所有重大决策都听取他们的意见，对于司马懿共同辅政的事，经刘放和孙资左右一“分析”，他估计也深以为是。
曹肇的弟弟曹纂时任大将军司马，听到一些风声，立即向曹宇、曹肇等人通报，几个人觉得不妙，赶紧进宫，但天已经黑了，宫门关闭，刘放、孙资利用掌握的权力吩咐任何人不得入宫，曹肇不甘心，天亮了又去，还是不让进，曹肇越想越害怕，竟然主动跑到廷尉那里请罪。其实也没干啥，既没犯罪又没造反，请的什么罪？说到底是恐惧，觉得在政治斗争中失败了，只想保住命、保住富贵，曹家这些子弟，其实只有这点儿出息。
夏侯献后来费了好大的劲见到了魏明帝，再提辅政人选的事，魏明帝说已经定了，你出去吧，夏侯献流泪而出。
但后面还有波澜，魏明帝对曹爽是放心的，但对司马懿实在放心不下，病榻上传出诏令，停止先前所议，刘放、孙资听到消息后第一时间赶来见驾，力主维持原议，经过他们又一番“洗脑”，魏明帝同意了。
刘放、孙资担心再变卦，请魏明帝马上发布诏书，魏明帝当时病情已经比较重了，对他们说：“我现在疲乏已极，回头再写吧！”长期担任秘书的人，性格往往沉稳有余而勇毅不足，尤其在重大时刻到来时容易犹豫，但刘放和孙资不是一般的秘书，他们是秘书中的极品，刘放上前抓住魏明帝的手，手把手地帮着魏明帝勉强写下了诏书，二人立即出宫宣布。除宣布了正式诏书，二人还夹带了“私货”，假传魏明帝的话让燕王曹宇等人今后不得再入宫中。